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Cy5.5是一种发近红外（NIR）荧光的花青素荧光染料。它的消光系数高，荧光也很亮，并且对pH不敏感，并且由于它的荧光波长（Em：~700nm）恰好处于肌体组织近红外窗口I的区域（肌体的血液，体液和组织此区域背景荧光弱，而长波长穿透性强），所以Cy5.5常应用于小动物活体体内成像中。Cy5.5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，纳米粒等，它最常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）。

炔烃(alkyne)是常用生物标记基团。通过铜催化点击化学反应(CuAAC)，炔烃可以和叠氮(azide)生成稳定的生物链接。点击化学反应效率很高，可在水相中(也可有机相)快速完成，即便在低浓度(μM)下。点击化学反应技术发展很成熟，各种相关试剂商业可得，各种生物标记应用广泛。

Cy5.5标记后的产物Ex/Em是680/698nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 680，DyLight 680等。

CAS号	1628790-37-3
分子式	C43H46ClN3O
分子量	656.30
结构式
光谱特性	Ex/Em＝680/698nm (PBS缓冲液)
消光系数	198000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.20
外观	深蓝色固体
溶解性	可溶于氯仿，甲醇，乙腈，DMF等有机溶剂，微溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Cy5.5-炔烃水溶性较低，如需在水相中标记可选择磺化Cy5.5-炔烃。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。